Los órganos de gobierno de FEDACE son la Asamblea General y la Junta Directiva. La Asamblea es el máximo órgano de gobierno de la federación y en están representadas todas las entidades federadas. La Asamblea se reúne, al menos, una vez al año y sus funciones son: determinar las directrices de la federación, aprobar sus cuentas, presupuestos y planes de actuación y elegir a entidades que formarán parte de la Junta Directiva.

La función de la Junta Directiva es la de dirigir estratégicamente a la federación. Está compuesta por siete representantes de asociaciones elegidas por la Asamblea y se renueva parcialmente cada dos años. Sus cargos son voluntarios.

Actualmente, componen la Junta Directiva:

Presidente: Luciano Fernández (SARELA – Santiago de Compostela).

Vicepresidenta: Ana Cabellos (ADACE Clm).

Secretario: Ángel I. Sánchez (ADACCA Cádiz).

Tesorero: Juan Luis Delgado (ADACECO – A Coruña).

Vocal: Mª Carmen Ferrer (ADACEA Alicante).

Vocal: Nekane Nograro (ATECE Araba).

Vocal: Rocío de la Rosa (FANDACE).